این بخش به بررسی واکنش ایمنی بدن در برابر آنتی ژن‌های و روند ایجاد مصونیت در برابر عوامل بیماریزا می‌پردازد.

آزمايش‌هاي اين بخش در قسمت سرولوژي به صورت روزانه و با دو روش دستي و دستگاهي و در بخش ايمونولوژي به شكل روزانه انجام مي‌گيرد. این بخش شامل آزمایشهای عمومی و تخصصی جهت تشخیص و پیگیری انواع بیماری های عفونی و اتوایمیون می باشد. برخی بیماری ها که که در این بخش بررسی می گردند شامل بیماری های روماتیسمی (آرتریت روماتوئید، تب روماتیسمی و...)بیماریهای عفونی (تب مالت و حصبه)، انواع هپاتیت ها (A و  Bو C و  E,D)- ایدز (HIV) بیماریهای اتوایمیون مثل لوپوس، هپاتیت اتوایمیون و...

آزمایشات بررسی آلرژی بر روی نمونه خون بیماران با دستگاه    انجام میشود که هر بیمار از نظر آلرژی به 20 ماده حساسیت زا مورد بررسی قرار می گیرد